本校於1966年正式奉准立案，當時為醫療資源極度匱乏的年代，由於創辦人王趁先生的高瞻遠矚，秉持一顆濟世的仁心與赤忱，並有鑑於藥劑人才培育急迫之需，乃慨然不計得失捐資興學以回饋鄉土，嗣經結合醫藥界與教育界先進，在排除萬難與辛勤奔走下，誕生了全臺灣第一所醫藥專校：「私立嘉南藥學專科學校」。

創校以來，兢兢業業辦學，務使學校能如「嘉南平原」欣欣向榮；如「嘉南大圳」源遠流長，永續繁榮發展。由於辦學績效卓著，深獲社會各界肯定；1992年，教育部評鑑總成績為全國第二名，1993至1995連續3年更躍登榜首；1996年升格為「嘉南藥理學院」，為首批改制之學院，緊接著在2000年升格為「嘉南藥理科技大學」；2014年奉教育部核准，更名為「嘉南藥理大學」。

本校目前依據國家教育施政理念與政策，並參酌世界、社會、技職教育與產業變遷趨勢，以實現培育「全人健康，服務人才」為教育目標，發揚務實致用精神，並以樹立技職教育典範，作為實現綜合型科技大學之願景。

本校辦學，具有優良的傳承，群策群力，薪火相傳。首任校長鄺英傑教授，篳路藍縷，全心擘劃學校發展藍圖，胼手胝足，奠定本校永續基礎。

第二任校長王昭雄博士於1974年學成返國接任，任內積極提升師資，除新聘優良教師，更鼓勵教師在職研究進修。加強充實教學研究設備，汰舊換新軟硬體設施。不斷增購校地，不遺餘力興建校舍，建構優質學習與舒適生活環境，使學生在此能樂學安居，奮勉勤學，成果屢獲教育部肯定。

許立人教授於2009年為第三任校長，承先啟後，以追求精緻、卓越為校務發展目標，為技職再造打下穩定的康莊大道。

李孫榮教授於2012年繼任第四任校長，積極有為，面對教育環境驟變的挑戰，勇於承擔，彰顯本校「健康樂活」特色，開創獨特價值，冀能在眾多科技大學環伺競爭下脫穎而出。

陳銘田教授於2015年為第五任(現任)校長，黽勉練達，以致力於：提升教學品質、活化服務效能、增進產學合作、強化行政效率、發揮學校特色、確保招生績效、建立永續樂活校園等為辦學理念，盼能在少子女化嚴峻的大環境下，奮發有為續創佳績。

回顧本校歷史沿革，「真實」校訓係本校始終奉守的精神，創辦人訓勉師生為學、做事要「崇真務實」嚴謹以待，傳承至今，「健康、關懷、精緻、卓越」已發展成為本校辦學之核心發展理念，並勾勒出「全人健康服務」綜合型科技大學的璀璨願景，鼓舞全體師生繼續邁向卓越，不斷地超越巔峰。